肛瘺有原發(fā)性內(nèi)口、瘺管、支管和繼發(fā)性外口。內(nèi)口即感染源的入口，多在肛竇內(nèi)及其附近，后正中線的兩側(cè)多見，但也可在直腸下部或肛管的任何部位。瘺管有直有彎，少數(shù)有分支。外口即膿腫潰破處或切開引流的部位，多位于肛管周圍皮膚外，由于原發(fā)病灶不斷經(jīng)內(nèi)口進(jìn)入管道，加之管道迂曲行走于內(nèi)、外括約肌附近，管壁由纖維組織構(gòu)成，管內(nèi)有肉芽組織，故經(jīng)久不愈。

一般單純性肛瘺只有一個(gè)內(nèi)口和一個(gè)外口，這類最多見。若外口暫時(shí)封閉，局部引流不暢，則又逐漸發(fā)生紅腫，再將形成膿腫，封閉的外口可再穿破或在其他處形成另一外口。如此反復(fù)發(fā)作，便病變范圍擴(kuò)大或有時(shí)造成幾個(gè)外口，與內(nèi)口相通，這種肛瘺稱為復(fù)雜性肛瘺，即有一個(gè)內(nèi)口與多個(gè)外口。但有人認(rèn)為，復(fù)雜性肛瘺不應(yīng)以外口的多少劃分，而是指主要管道累及肛管直腸環(huán)或環(huán)以上者。雖然這種肛瘺只有一個(gè)外口及一個(gè)內(nèi)口，但治療比較復(fù)雜，故稱為復(fù)雜性肛瘺。相反，有時(shí)肛瘺雖有多個(gè)外口，但治療并不復(fù)雜。