1、遺傳基因的影響最為根本; 在母體懷孕期間因藥施用不當，影響雄性激素的分泌，先天不足;缺乏健壯性機能的營養(yǎng)和原素，形成先天發(fā)育不良;

2、青少年發(fā)育期間，攝入的鋅原素、雄性激素、維生素E和相關(guān)蛋白營養(yǎng)不足，缺乏后天能量補充，起不到壯大性器官的作用;

3、內(nèi)體寒、怕冷、體內(nèi)陽氣不足，致使陰莖不能完全凸出，有部分內(nèi)縮于腹內(nèi);性生活過度，身體虛弱或在青少年剛發(fā)育期間手淫過頻，使腎臟在發(fā)育時無能量去壯大發(fā)育性器官，形成陰莖短小;

4、患有睪丸炎、隱睪癥、睪丸發(fā)育不全等癥及內(nèi)分泌不平衡，雄性激素缺乏。