形成陰莖短小的原因是多種多樣的，有先天的因素，也有后天的因素，遺傳基因的影響最為根本：

(1)缺乏健壯性機(jī)能的營養(yǎng)和原素，形成先天發(fā)育不良;

(2)性生活過度，身體虛弱或在青少年剛發(fā)育期間手淫過頻，使腎臟在發(fā)育時無能量去壯大發(fā)育性器官，形成陰莖短小;

(3)青少年發(fā)育期間，營養(yǎng)不足，起不到壯大性器官的作用;

(4)內(nèi)體寒、怕冷、體內(nèi)陽氣不足，致使陰莖不能完全凸出，有部分內(nèi)縮于腹內(nèi);

(5)包皮過長，缺乏生長的必要空間，陰礙陰莖的發(fā)育生長。陰莖勃起在11-15公分屬正常，短于10公分則屬短小。

(6)在母體懷孕期間因藥施用不當(dāng)，影響雄性激素的分泌，先天不足;

(7)患有睪丸炎、隱睪癥、睪丸發(fā)育不全等癥及內(nèi)分泌不平衡，雄性激素不足;